Étant un institut privé, l'I.C.M. s'organise autour des mots d'ordre " Rigueur et Discipline ". Et chaque Département, malgré son autonomie respective, se voit régi par les mêmes règlements.

L'Institut Catholique de Madagascar se trouve sous l’autorité directe de la « Congrégation pour l’Éducation Catholique », un Ministère de l’État du Vatican. À Madagascar, elle est placée sous la responsabilité de la Conférence des Évêques de Madagascar selon la Constitution catholique « Ex corde ecclesia » du 15 octobre 1990.

Les responsables qui régissent l'I.C.M. sont les suivants :

- le Grand Chancelier : Son Excellence Monseigneur Odon Marie Arsène RAZANAKOLONA ;

- le Recteur : Père Germain RAJOELISON ;

- Le Secrétaire Général : Monsieur Hervé RASAMISON ;

- Les Directeurs de Département et de Faculté : Père Jean de la Croix RANDRIANANTOANDRO et Père Charles Raymond RATONGAVAO (Département de Théologie), Père Odilon TIANKAVANA (Département de Philosophie) et Professeur Jeannot RAMIARAMANANA (Faculté des Sciences Sociales) ;

Des organes de décision tels que : 

- Le Conseil Académique qui regroupe le Recteur, les Directeurs de département et des professeurs permanents. Leur tâche consiste à orienter le système de formation enseigné à l'ICM, rendre harmonieux les formations dispensées dans les départements...

- Le Comité Directeur dont les membres sont nommés par le Grand Chancelier de l’Institut

 - Le Conseil de Département